L’ entrée: Grande salle ornée avec des carreaux de faïence Sevillains qui datent de 1643 également on trouve une sculpture en bois de Jesús Christ crucifié, en plus, un beau tableau peint par Angelino Medoro.

La Salle d’ accueil: C'était le lieu d'attente pour les visiteurs du couvent.

Coupole: Surmontant l'escalier principal on apprécie une coupole magnifique de style moresque en cèdre de Panama en 1625.

La Bibliothèque: C’était le centre d’études des moines et qui renferme une collection de 25000 livres et des exemplaires d’une étrange beauté.

Le Chœur: II possède une stalle baroque en cèdre de Panama. On apprécie un lutrin tournant sur lequel on met les livres de chant.

Cloître: Conforme par quatre galeries qui sont décorées avec des carreaux sévillains de 1620.

Salle Capitulaire: Vieille salle d’ assemblées des franciscains.

La Pinacothèque: Elle renferme une collection très précieuse des tableaux appartenant a l'atelier du fameux peintre flamand Pierre Paul Rubens.
On exhibit également un ostensoir orne avec des pierres précieuses.

La Salle Clémentine: Ainsi nommée en hommage du pape Clémente X, il y a des exemples de mobiliére du XVII siècle.

Le Réfectoire: La salle a manger des moines franciscaine qui est entourée d'une belle collection des siéges baroques.

La Sacristie: C'était les franciscains se changeaient leurs vêtements sacerdotaux. Elle était utilisée comme un lieu de purification la célébration de masses.

Les Catacombes: Découvert en 1943, ils referment nombreux ossements humains, étant alors un cimetière jusqu'à 1803,. On estime que 25000 corps y ont été ensevelis.

Les tombeaux faits a base briques mélanges avec un mortier très solide et résistant qui leur a permis survive aux dégâts des tremblements de terre. On croit l’existence des chemins souterrains qui amene aux lieux les plus importants de la ville, tels que la Cathédrale, le Tribunal de la Sainte Inquisition et d’autres