Es un gran cuadrilátero consta de cuatro galerías, arcos de medio punto, once por lado, sostenidos por pilastras y dobles machones en las esquinas.

Las paredes y pilastras decoradas con azulejos sevillanos que datan de 1620.

Según las tradiciones peruanas de don Ricardo Palma fueron donados por Catalina Huanca. El tema de los azulejos es de los santos y mártires franciscanos.

El claustro principal cuenta con una colección de 36 lienzos hechos en el período del Padre Luis de Cervela que representan escenas de la vida de San Francisco de Asís pintados por cuatro artistas limeños en 1671: Diego de Aguilera, Francisco Escobar, Pedro Fernández de Noriega y Andrés de Liébana.

Cuando en 1974 se descolgaron los lienzos con el objeto de restaurarlos se descubrió en forma casual pinturas murales en técnicas mixta al temple y óleo de escuela manierista italiana que datan del primer tercio del siglo XVII, ejecutadas sobre un muro seco, sobre capa de yeso enlucido con el mismo tema de los lienzos y aun se encuentran en investigación por historiadores del arte.

En todos los ángulos del claustro, se pueden ver cuatro retablos procesionales tallados en madera y representan cuatro momentos en la vida de san Francisco de Asís: “La Invensión del cuerpo de San Francisco”, “San Francisco y Santo Domingo aplacando la cólera Divina”, “El jubileo de las Rosas o Porciúncula” y “La Impresión de las Estigmas en el cuerpo de San Francisco” Fueron hechos entre 1638 – 1640.

De los hermosos techos artesonados de la galería, sólo uno de ellos se conserva en buen estado tallado en madera de cedro de Nicaragua de estilo mudejar.