Desde el claustro superior de obtiene una espléndida vista del jardín con las cinco fuentes de bronce y que diseñó y ejecutó el capitán Sebastián de Cubas en 1677. en las esquinas hay cuatro cruces de Berenguela que en total formaban un conjunto de 27, ubicadas en el atrio, desde la capilla del Milagro hasta la capilla de la Soledad.

En las galerías de este claustro se encuentran las celdas o habitaciones que fueron usada por los frailes franciscanos. Las primitivas columnas que lo sostenían eran de piedra negra traídas de Panamá y tuvieron que ser retiradas a causa de los frecuentes movimientos sísmicos y sustituidas por las actuales arquerías en las que abren óvalos bajo exornaciones de veneras y cenefas con motivos geométricos.

Se han encontrado aquí 7 recuadros de pintura mural con imágenes de Santa Margarita de Cortona, San Pascual Baylón y de mártires franciscanos, todos estos murales se hallan en proceso de conservación.