Sobre la escalera principal sobresale la hermosa cúpula de diseño mudéjar, la cual por su acabado y dimensiones destaca en todo en continente americano. Fue hecha el año de 1625 con madera de cedro traída de Nicaragua, por Fray Miguel de Huerta. A consecuencia del sismo de 1940, la parte central de la media naranja se vino abajo y fue restaurada en 1969 por Juan de Dios Muñoz.

Predomina en su decoración figuras geométricas y completan todo el conjunto cuatros pechinas.

También se aprecian en las paredes dos pinturas que representan a San Diego de Alcalá evangelizando en las Islas Canarias y la otra a la Familia Real venerando el cuerpo de San Diego, fueron pintados por José Joaquín del Pozo.