Las criptas de San Francisco, que han cobrado fama con el nombre de catacumbas por similitud con las romanas, son una serie de bóvedas subterráneas(debajo de las capillas de la iglesia), éstas se emplearon hasta principios del siglo XIX. Sirvieron de sepultura a miembros de cofradías y hermandades.

En 1947 fueron abiertas sus galerías y pasajes que se encontraban tapiados, para efectuar trabajos de excavaciones, limpieza e instalaciones de luz, tres años después en 1950 las catacumbas quedaron abiertas al público.

En su extenso recorrido se aprecia techos abovedados o planos unidos por pasajes y arcos de medio punto. Construidas con ladrillo y cal y canto, en el piso de ellos se encuentran sepulcros rectangulares donde los féretros eran colocados unos sobre otros, separados por tierra y cal viva, la cal acelera el proceso de descomposición, evita principios de epidemias y malos olores.

Durante todo el recorrido de las catacumbas se repite mucho la vista de cráneos, fémures, tibias y peronés, por lo que constituyen las partes más resistentes del cuerpo humano.

Existen también pozos u osarios que tienen la finalidad de absorver las ondas sísmica y cuya profundidad es de diez metros.

El año de 1808 fue ignaurado el Cementeno General “Presbítero Maesto”, y el año de 1821 don José de San Martín, prohibió el uso de las catacumbas.

La construcción de las catacumbas franciscanas se desarrolla de acuerdo a la transformación de la iglesia. Así, antes de 1656, las bóvedas sepulcrales eran independientes e incomunicadas entre si como en las demás iglesias limeñas, se hallaban bajo las naves laterales, cerrados y de propiedad de patrones y cofradías. Con la construcción de la nueva iglesia, se abrieron los cimientos de los pilares, se excavaron todo el sector central del crucero y de la nave central. Allí se fabricaron las nuevas sepulturas en recintos sobre los pilares, y dos largos corredores paralelos bajo la nave central, así mismo, comunicaron estos espacios con las antiguas bóvedas sepulcrales independientes de las capillas mediante la rotura de los muros y pasadizos. De esta manera, quedó conformado totalmente lleno el laberinto unificado de las catacumbas de San Francisco (San Cristóbal, 1983 c, 1988).

El área total de estas criptas no se ha llegado a determinar aún y se cree posible que exista una comunicación entre sus galerías con el Palacio de Gobierno y la cercana estación de Desamparados. Hay una cripta a la cual se le conoce con el nombre de cripta de los Venerables, allí reposan los restos de Fray Juan Gómez a quien inmortalizó Ricardo Palma en sus famosas Tradiciones Peruanas con la versión del “Alacrán de Fray Marqueses de Torre Tagle, quien falleció el 2 de Agosto de 1780 y de Fray Andrés Corso unos de los fundadores del Convento de los Descalzos.

También se halla sepultado en ese lugar el Padre Fray José Mojica, famoso artista mejicano de cine y cantante de ópera, quien falleció en Lima el 20 de Septiembre de 1974.