Llamada así en honor al Papa Clemente X quien dio al Convento de San Francisco el título de Casa Pontificia, mediante una Bula Apostólica del 29 de septiembre de 1668, por ello mandó a grabar en la fachada del templo, las armas e insignias pontificias, (la Tiara y las llaves de San Pedro) otorgándole similares privilegios, gracias e indulgencias del que goza la Archibasílica de San Juan de Letrán de Roma. Se observan las siguientes pinturas anónimas del siglo XVIII:

Papa Clemente XIV, y los Pontífices franciscanos:

Papa Sixto IV, Papa Sixto V, Papa Honorio III con San Francisco, Papa Alejandro V, Papa Nicolás III y Nicolás IV.