Las criptas de San Francisco, que han cobrado fama con el nombre de catacumbas por similitud con las romanas, son una serie de bóvedas subterráneas (debajo de las capillas de la iglesia), éstas se emplearon hasta principios del siglo XIX, y sirvieron de sepultura a miembros de cofradías y hermandades.

En su extenso recorrido se aprecia techos abovedados o planos unidos por pasajes y arcos de medio punto, construidas con ladrillo y cal y canto, en el piso de ellos se encuentran sepulcros rectangulares donde los féretros eran colocados unos sobre otros, separados por tierra y cal viva, para acelerar el proceso de descomposición, evitar epidemias y malos olores.

Durante todo el recorrido de las catacumbas se repite mucho la vista de cráneos, fémures, tibias y peronés, por lo que constituyen las partes más resistentes del cuerpo humano. Existen también pozos u osarios que tienen la finalidad de absorber las ondas sísmicas y cuya profundidad es de diez metros.

La construcción de las catacumbas franciscanas se desarrolla de acuerdo a la transformación de la iglesia. Así, antes del hundimiento del 4 de febrero de 1656, las bóvedas sepulcrales eran independientes e incomunicadas entre sí como en las demás iglesias limeñas, se hallaban bajo las naves laterales, cerradas y de propiedad de patrones y cofradías. Con la construcción de la nueva iglesia entre 1657-1672, se abrieron los cimientos de los pilares, se excavaron todo el sector central del crucero y de la nave central. Allí se fabricaron las nuevas sepulturas en recintos sobre los pilares, y dos largos corredores paralelos bajo la nave central, así mismo, comunicaron estos espacios con las antiguas bóvedas sepulcrales independientes de las capillas mediante la rotura de los muros y pasadizos. De esta manera, quedó conformado totalmente lleno el laberinto unificado de las catacumbas de San Francisco.

El año de 1808 fue inaugurado el Cementerio General “Presbítero Matías Maestro”, pero por costumbre se realizaban todavía los entierros en las iglesias, por lo que en el año de 1821 don José de San Martín, prohibió el uso de las catacumbas mediante un decreto, siendo clausuradas posteriormente.

En 1947 fueron abiertas sus galerías y pasajes que se encontraban tapiados, para efectuar trabajos de excavaciones, limpieza e instalaciones de luz, tres años después en 1950 las catacumbas quedaron abiertas al público. El área total de estas criptas no se ha llegado a determinar aún y se cree posible que exista una comunicación entre sus galerías con el Palacio de Gobierno y la cercana estación de Desamparados.

En la cripta llamada de los Venerables, reposan los restos de Fray Juan Gómez, nació en Extremadura, España en 1560, llegó a Lima en 1587, fue enfermero en el Convento por 40 años y murió a la edad de 71 años el 2 de mayo de 1631, a quien inmortalizó Ricardo Palma en sus famosas Tradiciones Peruanas con la versión del “Alacrán de Fray Gómez”, fue enfermero de San Francisco Solano durante su larga enfermedad; así mismo está enterrado Fray Ramón y Tagle y Bracho, uno de los hijos de los Marqueses de Torre Tagle, quien falleció a la edad de 70 años, el 2 de Agosto de 1780 y de Fray Andrés Corso unos de los fundadores del Convento de los Descalzos en el Rímac, quien falleció el 10 de junio de 1620.

También se halla sepultado en ese lugar el Padre Fray José Francisco de Guadalupe Mojica OFM, quien nació en San Gabriel de Jalisco, México, el 14 de Septiembre de 1896, famoso cantante de ópera y artista de cine de Hollywood, quien deja la vida artística e ingresa a la Orden Franciscana a la edad de 46 años, el 08 de marzo de 1942, falleció en Lima el 20 de Septiembre de 1974.